我们正在尝试在内部基础架构的Kubernetes上运行Snakemake工作流程。我们正在MapR文件系统上更精确地使用OpenShift OKD。
我们遵循了official documentation命令：
snakemake --kubernetes --use-conda --default-remote-provider $REMOTE --default-remote-prefix $PREFIX
但是为--default-remote-provider和--default-remote-prefix提供的命令行帮助尚不清楚我们如何在本地Kubernetes或OpenShift集群上执行Snakemake管道：
--default-remote-provider: choose from 'S3', 'GS', 'FTP', 'SFTP', 'S3Mocked', 'gfal', 'gridftp', 'iRODS'
此外，官方文档指出：
在此模式下，Snakemake假定所有输入和输出文件都存储在给定的远程位置，方法是通过将$ REMOTE设置为您选择的提供程序（例如，GS用于Google云存储或S3用于Amazon S3）和$ PREFIX进行配置。该远程存储中的存储桶名称或子文件夹。
所以我想知道：
如何将Snakemake工作流程部署到内部OpenShift / Kubernetes安装中？
是否有在前提集群上运行Snakemake的示例（例如github repo或博客？）>
特别是，我不确定应该选择哪个远程提供程序，以及如何提供前缀（可以将其链接到Kubernetes持久卷声明吗？]
非常感谢您的帮助！
我们正在尝试在内部基础架构的Kubernetes上运行Snakemake工作流程。我们正在MapR文件系统上更精确地使用OpenShift OKD。我们遵循官方文档命令：...
对本地Kubernetes的设置不是很熟悉，但是this segment of snakemake's documentation on cluster execution may help.