.h5 文件中的数据集，类型为“|V376">

Question

我正在尝试从 .h5 文件获取 MRI 图像数据，但我认为打印图像所需的张量的数据集存储在 (10440,) 类型“|V376”> 数据集中。我需要的是一个方阵，我可以用 fft2 对其进行变换并可视化 k 空间。有没有办法知道我需要在哪里查找数据？我从这里下载了该文件：http://mridata.org/list?project=Stanford%202D%20FSE。我尝试下载不同的文件，但它们都有这种奇怪的类型......

我打印了 .h5 文件中的单数组中包含的“数据”项，我得到的是一个列表数组，每个列表末尾都有一个浮点数组。我最后提取了这些数组，但它们没有正方形，所以它们不能用来形成图像。

Answer 1

你应该认为HDF5是一个容器，而不是一个固定的格式。因此，如上所述，在了解架构之前，您无法读取数据集。我翻阅了 mridata.org 网站上的文档。这是一个复杂的模式！基本上，MRI 数据位于名为

['dataset']['data']

的数据集中。该数据集是复合数据集（例如，将数据类型的混合存储为“字段/列”）。让事情变得复杂的是，一些字段也是复合数据集。幸运的是，您想要的图像数据我认为位于一个简单的字段中（也称为

'data'

）。该字段包含对象数据（这就是使用此数据结构保存时 np.arrays 的存储方式）。

为了测试我的理论，我在引用的站点下载了第一个文件。 （文件名：

efac30a2-8b30-48e8-9a7c-aad2a05a46df.h5

。下面的代码询问文件并打印

['dataset']['data']

数据集的形状和数据类型。它有

shape= (5824,)

，因此有 5824 行图像数据。然后循环遍历数据集的前 10 行该数据集中的

'data'

字段并打印形状和 dtype。它显示它们都是

shape=(11264,)

和

dtype=float32

。注意

img_data_arr

是我认为的图像数据。

代码如下：

with h5py.File('efac30a2-8b30-48e8-9a7c-aad2a05a46df.h5','r') as h5f:
    for name, h5_obj in h5f['dataset'].items():
        if isinstance(h5_obj, h5py.Dataset):
            print(f'For dataset: {name}; Shape: {h5_obj.shape}')
            print(h5_obj.dtype)
            
    data = h5f['dataset']['data']['data']
    print('\nFor data field in data dataset:'\
          f'\nShape: {data.shape}, Dtype: {data.dtype}') 
    for i in range(10):
        img_data_arr = data[i][()]     
        print(i, img_data_arr.shape, img_data_arr.dtype) 

注意：mridata.org 网站还提供了 Python 代码，用于构建一套完整的工具来读取和处理这些数据。