通过 nipype 进行 FLIRT 注册无法运行（google colab）

Question

我正在尝试在 Google Colab 中执行 FLIRT 注册 vi nipype 包，但我不知道如何修复它。如果有人知道如何解决它，请帮助我。

!pip install nipype
from nipype.interfaces import fsl
from nipype.testing import example_data
flt = fsl.FLIRT(bins=640, cost_func='mutualinfo')
flt.inputs.in_file = '/content/MaskP1.nii.gz'
flt.inputs.reference = '/content/P1_FL_fim.nii.gz'
flt.inputs.output_type = "NIFTI_GZ"
res = flt.run() 

错误信息是：

OSError：在主机 34bc2567880d 上找不到命令“调情”。请检查是否安装了相应的包。

Answer 1

我猜问题是 Google Colab 中的机器上没有安装 FSL。如果您尝试在单元格上键入类似

!echo ${FSLDIR}

的内容，它会起作用吗？