如何访问Snakemake.input[0]？

Question

这应该是一个很简单的问题，但是我实在是想不通。我有一个非常非常简单的Snakefile（如下图所示）。

rule test:
    input:
        "/home/username/input_data"
    script:
        "scripts/test.py"

而在我的 test.py 文件，我正在做以下工作。

import snakemake
print(snakemake.input[0])

但我无法进入 snakemake.input[0]. 该 文件 有一个和我一样简单的例子，但我不能让它工作。此外，在Python的交互式shell中，我能够做到 import snakemake但我得到一个错误。

ImportError: No module named snakemake

当从我这里导入时 test.py 脚本。

我叫 snakemake test 在命令行中，从命令行中输入与 Snakefile 来运行这个。

我很感激任何关于这个问题的帮助。

Answer 1

我通过在以下地方删除Snakemake的安装来解决我的问题。/usr/bin/snakemake然后按照安装指南重新安装。此处