定义adegenet中PCA分析的人口水平

Question

我想在adegenet中从没有定义群体的genepop文件开始进行PCA分析。我导入了这样的数据：

datapop <- read.genepop('tous.gen', ncode=3, quiet = FALSE)

它有效，我可以在缩放数据后执行PCA。但是我想根据它们的原始种群使用s.class在PCA轴上绘制结果/个体。我有一个vcf文件，每个人都有一个三个代码。我在R中导入它：

pops_list <- read.csv('liste_pops.csv', header=FALSE)

但现在我如何用它来定义genind对象datapop中的人口水平？我试过这样的事：

setPop(datapop, formula = NULL)

setPop(datapop)

"Erreur : formula must be a valid formula object."

然后我应该如何在s.class中使用它？谢谢Didier

Answer 1

没有一个工作的例子，这很难说，但也许你可以在这里找到你的问题的解决方案：How to add strata information to a genind

从你的例子和setPop方法如何工作的方式，你的行setPop(datapop, formula = NULL)将无法工作，因为你不会定义任何东西。你真的必须这样做：

setPop(datapop) <- pops_list

同时还保证pops_list是具有适当格式的因素

Answer 2

我知道这有点晚了，但是这样做的方法是将pops_list添加为strata，然后使用setPop()选择某个列：

strata(datapop) <- pops_list
setPop(datapop) <- ~myPop # set the population to the column called "myPop" in the data frame