监控Snakemake的RAM和CPU消耗

Question

我希望在一段时间内获得Snakemake管道的CPU和RAM使用率。我在一个slurm托管集群上运行我的管道。我知道Snakemake包含基准测试功能，但他们只报告图片消耗。理想情况下，我希望有一个如下所示的输出文件：

t  CPU     RAM
1  103.00  32
2  ...     ...

有没有这样做的程序？谢谢！

Answer 1

不知道任何已经执行此操作的程序，但您可以通过本机unix命令监视CPU和MEM使用情况，this post提供了一个符合您要求的答案。 以下是针对此上下文修改的答案摘要：

您可以使用此bash功能

logsnakemake() { while sleep 1; do  ps -p $1 -o pcpu= -o pmem= ; done; }

您可以通过修改sleep的值来调整日志记录的频率。 要使用pid = 123记录您的snakemake进程，只需输入终端：

$ logsnakemake 123 | tee /tmp/pid.log

Answer 2

我在github上找到了Syrupy：python中的ps解析器，带有清晰的文档。