设置.snakemake目录的位置

Question

有没有办法定义snakemake创建.snakemake文件夹的位置。 我可以使用

--directory

更改整个工作 dic，但这也会更改每个相对路径的存储位置。

我认为

--shadow-prefix

是我所希望的，但是 .snakemake/scripts 例如仍然在工作 dic 中创建。

原因是，我正在使用共享 CIFS/SMB 驱动器（我无法控制）。理论上我有读/写访问权限，但对于 Snakemake 在 .snakefile 文件夹中执行的某些操作，它拒绝授予权限（不知道为什么）。所以我希望我可以将 .snakemake 放在一个小的本地驱动器上，但工作流程的数据仍然写入 CIFS/SMB。

Answer 1

不，这是不可能的，至少对于今天可用的最新版本来说是这样。 解决方法是创建一个指向最适合您的路径的符号链接：

ln -s MY_PATH .snakemake

其中

MY_PATH 

是您要用来存储

.snakemake

相关文件的位置。