PERMANOVA 分析（特别是 vegan 包中的 adonis2）是否允许嵌套术语？

Question

我正在尝试对样本之间的布雷皮肤差异进行 PERMANOVA 分析，但我需要在一天中的某个时间内嵌套样本日。我读到 adonis2 中的“strata”函数限制了排列，但我无法运行此代码，并且我不确定这是否相当于嵌套术语。

这是我尝试过的 adonis2 的一些变体：

1. adonis2（bc_long ~ 高度 + Timeofday2/Day_groups + Day_groups + HeightTimeofday2/Day_groups + HeightDay_groups，data=meta_long，排列 = 2000，na.action = na.omit） ##这不包括分层，我只是包括嵌套术语。代码运行，但我不相信我得到的结果，因为我不确定 adonis2 是否读取我使用的嵌套语法。

2. adonis2（bc_long ~ 高度 + Timeofday2，层 = Day_groups，数据 = long_diel2，排列 = 2000） ##此代码无法运行，这是我收到的错误： qr.fitted(qrhs, G) 中的错误： 'qr' 和 'y' 必须具有相同的行数

Answer 1

我的帮助能力受到限制，因为我不知道您的数据结构，也不知道您的变量的性质。

话虽这么说，第一个选项，使用“Timeofday2/Day_groups”是向“adonis2”指示“Day_groups”嵌套在“Timeofday2”中的正确方法。

希望对您有帮助。