我正在尝试使用 R 计算某些树的最大似然。我已经手工完成了这项工作，现在我想使用 R 中的包来测试它们。
我想计算以下给定的可能性：
树文件 (nwk): ((A:2,B:3)E:2,(C:1,D:5)F:3)R;
位置文件（csv）： A、法国 B、德国 C、德国 D,法国
速率矩阵（字符串输入）：'-1, 1; 1, -1'
到目前为止，我已经编写了代码来读取树、读取速率字符串并转换为矩阵（给定 nrow=2）。我还编写了代码以根据频率对速率矩阵进行归一化（在此示例中，法国和德国的频率仅为 0.5。我们可以假设频率相等），以获得 Q 矩阵。
我现在想使用一个包来计算给定树、位置和 Q 矩阵的这棵树的最大似然。
我试过使用 pml 和 ace，但无法正常工作。