用旧数据从旧数据中写入新的FITS文件

Question

我对FITS文件执行一个非常简单的操作（数据为numpy数组格式，但是我无法将其另存为新文件或覆盖现有文件。）>

我正在重新编写一些旧代码，这些代码使用numpy pyfits模块处理天文FITS文件-我想对其进行更新以使用astropy.io fits模块。具体来说，我使用的某些数据是3D，有些是4D。 4D只是一个约定-第4轴不包含有用的信息（数据示例可在此处找到：http://www.mpia.de/THINGS/Data_files/NGC_628_NA_CUBE_THINGS.FITS）。因此，我希望删除多余的轴，然后其余代码可以继续执行而没有任何特殊要求。

这是我使用的基于pyfits的旧代码，效果很好：

import numpy
import pyfits

filename = 'NGC628.fits'
outfile  = 'NGC628_reshaped.fits'

# Get the shape of the file
fitsfile=pyfits.open(filename)
image = fitsfile[0].data
header =fitsfile[0].header
z = image.shape[1]  # No. channels                  
y = image.shape[2]  # No. x pixels
x = image.shape[3]  # No. y pixels

newimage = numpy.reshape(image,[z,y,x])

pyfits.core.writeto(outfile,newimage,header, clobber=True)
那里没什么复杂的，它只是重塑数组并将其保存到新文件中。奇妙。现在，我想用astropy fits模块代替它。如果我这样做：

import numpy
from astropy.io import fits as pyfits

fitsfile = pyfits.open('NGC628.fits', mode='update')
image  = fitsfile[0].data
header = fitsfile[0].header
z = image.shape[1]                  
y = image.shape[2]
x = image.shape[3]
image = numpy.reshape(image,[z,y,x])
...到目前为止，太好了。正如image.shape确认的那样，“ image”数组已正确重塑。但是我一辈子都无法弄清楚如何将其保存到新的（或旧的）FITS文件中。使用旧语法：

fitsfile.writeto('NGC628_2.fits',image,header)
...给出错误消息，“ AttributeError：'numpy.ndarray'对象没有属性'lower'。如果不是的话，根据令人讨厌的文档，我只是忽略了图像和标题，然后尝试保存到原始文件中：

fitsfile.writeto('NGC628.fits')
然后我得到一个错误，指出该文件已经存在。如果我提供关键字“ overwrite = True”，那么它将抱怨“ WinError 32：该进程无法访问该文件，因为该文件正被另一个进程使用：NGCC628.fits”。该文件绝对不能在任何其他程序中打开。

如果我指定新的文件名NGC628_2.fits，则Python崩溃（将我发送回命令提示符）且没有错误。写入的文件非常小，仅包含标题数据，不包含任何图像数据。

如果让我做一个稍微简单一些的操作，就是说，将所有图像数据设置为一个恒定值，然后关闭文件，就让事情变得更加混乱，]

import numpy
from astropy.io import fits as pyfits
fitsfile = pyfits.open('NGC628.fits', mode='update')
image  = fitsfile[0].data
header = fitsfile[0].header
image[:,:,:,:] = 5.0
fitsfile.close()
然后这有效-原始文件现在是一个数组，其中每个值都等于5。我从一份天才的文档中收集到，只需在更新模式下打开文件并关闭它就足够了，在这种情况下就足够了。但是，在重塑图像时，not
也可以使用相同的技巧-FITS文件未更改。

所以我到底在做什么错？更新原始文件或保存到新文件都可以（最好是后者），但我无法使任何一种操作都能正常工作。

编辑：我具有Python版本3.5.3，numpy版本1.17.3，astropy版本3.2.3，并且我正在运行Windows 10。

我可以对FITS文件执行非常简单的操作（数据是numpy数组格式），但是我无法毫不费力地将其另存为新文件或覆盖现有文件。我正在重写一些旧的...

Answer 1

[好吧，我认为您犯了一个小错误，因为您一直只是简单地忽略了它，这使您无法自拔，找到了不同的解决方案。您的其他无效尝试也可能会奏效，除了一件细微的小事情。我将首先检查出什么地方出了问题，然后再解释某些后续情况下出了什么问题，所以这有点长...

首先，在原始代码中，您拥有：