snakemake列表规则在集群和本地中执行

Question

我知道有一种方法可以使用localrules声明需要在本地计算机上执行的规则：

localrules: all, foo

是否有类似的选项来声明需要在集群上执行的规则？也许是clusterrules选项？

我的管道中有一堆不需要在集群上执行的规则，虽然我可以用localrules列出所有规则，但只需输入一个或两个需要在集群上执行。

另一种选择是使用rule groups，它将在单个节点上执行组中的所有规则，而不是在群集中使用多个节点。

Answer 1

我不认为这是不幸的。我检查了snakemake的源代码，破解此漏洞的一种方法是执行以下操作：

all_rules = [rule for rule in dir(rules) if not rule.startswith("__")]
cluster_rules = ["my_cluster_rule1", "my_cluster_rule2"]

workflow._localrules = set(rule for rule in all_rules if rule not in cluster_rules)

我还没有测试过，但是我认为这应该可行。这样，我们仅覆盖Snakemake从文档中解析的内容。这样做的问题在于，在不同版本的snakemake之间可能不稳定。