R生存分析coxph调用多列

Question

我想在coxph包下使用survival函数。通常它会被称为：

coxph(Surv(time,event) ~ age+gender+salary, data=THEDATA)。

但是，我在THEDATA有多个列。我怎么能轻易打电话给他们？例如，我想基于第8-12列的变量构建Cox模型。与之相比

coxph(Surv(THEDATA$time,THEDATA$event）~ THEDATA[,8] + THEDATA[,9] + THEDATA[,10] + THEDATA[,11] + THEDATA[,12])

，如何使用更高效的代码来完成这项工作？

Answer 1

这就是变量名称应尽可能短的原因。

library(survMisc)
### reproducible data
set.seed(1)
### 12 variables (no factors for simplicity)
df1 <- genSurvDf(f=0, c=10)$df
c2 <- colnames(df1)[1:12]
### loop through each variable
for (i in 1:length(c2)){
    print(c2[i])
    print(coxph(Surv(t1, e) ~ get(c2[i]), data=df1))
}

这是改编自?formula：

f1 <- as.formula(paste("Surv(t1, e) ~ ",
                   paste(c2, collapse= "+")))
coxph(f1, data=df1)

您应该能够修改上述内容以满足您的需求，例如：

f1 <- as.formula(paste("Surv(t1, e) ~ ",
                       paste(c2[8:12], collapse= "+")))

如果您想要对小型数据集执行所有组合（最多某个编号），这可能会更有效：

c1 <- coxph(Surv(t1, e) ~ ., data=df1)
### check all combinations of up to 3
### sort by information criteria
multi(c1, maxCoef=3, how="all", confSetSize=Inf)