R 使用combn 和apply

Question

我有一个数据框，其中包含许多变量和观察值的百分比值，如下所示：

obs <- data.frame(Site = c("A", "B", "C"), X = c(11, 22, 33), Y = c(44, 55, 66), Z = c(77, 88, 99))

我需要将此数据准备为用于网络分析的边列表，其中“站点”作为节点，其余变量作为边。结果应该如下所示：

Node1    Node2    Weight  Type
A         B         33     X
A         C         44     X
...
B         C         187    Z       

因此，对于“权重”，我们正在计算所有可能对的总和，并且对每一列分别计算（最终以“类型”表示）。

我想这个问题的答案必须是在

apply

表达式上使用

combn

，就像这里 将 Combn() 函数应用于数据框，但我还没有完全弄清楚。

我可以通过手动组合“站点”来完成这一切

sites <- combn(obs$Site, 2)

然后各个列就像这样

combA <- combn(obs$A, 2, function(x) sum(x)

并将这些数据集绑定在一起，但这显然很快就会变得烦人。

我尝试像这样一次性完成所有变量列

b <- apply(newdf[, -1], 1, function(x){
sum(utils::combn(x, 2))
}
)

但这有问题。 请问有人可以帮忙吗？

Answer 1

一种选择是创建一个函数，然后

map

将该函数应用于您拥有的所有列。

func1 <- function(var){
  obs %>% 
    transmute(Node1 = combn(Site, 2)[1, ],
           Node2 = combn(Site, 2)[2, ],
           Weight = combn(!!sym(var), 2, function(x) sum(x)),
           Type = var)
}

map(colnames(obs)[-1], func1) %>% bind_rows()

Answer 2

这是一个使用

combn

的示例

do.call(
  rbind,
  combn(1:nrow(obs),
    2,
    FUN = function(k) cbind(data.frame(t(obs[k, 1])), stack(data.frame(as.list(colSums(obs[k, -1]))))),
    simplify = FALSE
  )
)

这给出了

  X1 X2 values ind
1  A  B     33   X
2  A  B     99   Y
3  A  B    165   Z
4  A  C     44   X
5  A  C    110   Y
6  A  C    176   Z
7  B  C     55   X
8  B  C    121   Y
9  B  C    187   Z

Answer 3

试试这个方法

library(tidyverse)
obs_long <- obs %>% pivot_longer(-Site, names_to = "type")
sites <- combn(obs$Site, 2) %>% t() %>% as_tibble()
Type <- tibble(type = c("X", "Y", "Z"))

merge(sites, Type) %>% 
  left_join(obs_long, by = c("V1" = "Site", "type" = "type")) %>% 
  left_join(obs_long, by = c("V2" = "Site", "type" = "type")) %>% 
  mutate(res = value.x + value.y) %>% 
  select(-c(value.x, value.y))


  V1 V2 type res
1  A  B    X  33
2  A  C    X  44
3  B  C    X  55
4  A  B    Y  99
5  A  C    Y 110
6  B  C    Y 121
7  A  B    Z 165
8  A  C    Z 176
9  B  C    Z 187

Answer 4

您可以使用

combn

功能：

combn(length(list1), 2, FUN = function(x) {
  setNames(identical(list1[[x[1]]], list1[[x[2]]]), paste(x, collapse = ", "))
}, simplify = FALSE)

[[1]]
 1, 2 
FALSE 

[[2]]
 1, 3 
FALSE 

[[3]]
 1, 4 
FALSE 

[[4]]
 2, 3 
FALSE 

[[5]]
 2, 4 
FALSE 

[[6]]
3, 4 
TRUE 

如果您只想要最终数字而不需要索引详细信息，则可以删除名称并使用

simplify

。