Biopython Genbank.Record：试图理解源代码

Question

我正在编写一个csv阅读器来生成Genbank文件以捕获带有序列的注释。

首先我使用了Bio.SeqRecord并获得了正确格式化的输出，但是SeqRecord类缺少我需要的字段。

Blockquote功能位置/限定符 HCDR1 27..35 HCDR2 50..66 HCDR3 99..109

我切换到Bio.GenBank.Record并拥有所需的字段，除了现在注释格式错误。它不能有额外的“type：”“location：”和“qualifiers：”文本，而且信息都应该在一行上。

Blockquote功能位置/限定符 类型：HCDR1 地点：[26:35] 预选赛： 类型：HCDR2 地点：[49:66] 预选赛： 类型：HCDR3 地点：[98：109] 预选赛：

拉取注释的代码对于两个版本都是相同的。只有班级改变了。

# Read csv entries and create a container with the data
        container = Record()
        container.locus = row['Sample']
        container.size = len(row['Seq'])
        container.residue_type="PROTEIN"
        container.data_file_division="PRI"
        container.date = (datetime.date.today().strftime("%d-%b-%Y")) # today's date 
        container.definition = row['FullCloneName']
        container.accession = [row['Vgene'],row['HCDR3']]
        container.version = getpass.getuser()
        container.keywords = [row['ProjectName']]
        container.source = "test"
        container.organism = "Homo Sapiens"
        container.sequence = row['Seq']

        annotations = []
        CDRS = ["HCDR1", "HCDR2", "HCDR3"]
        for CDR in CDRS:
            start = row['Seq'].find(row[CDR])
            end = start + len(row[CDR])
            feature = SeqFeature(FeatureLocation(start=start, end=end), type=CDR)
            container.features.append(feature)

我查看了Bio.Genbank.Record的源代码，但无法弄清楚为什么SeqFeature类与Bio.SeqRecord相比具有不同的格式输出。

是否有一个优雅的解决方案，还是我写了一个单独的工具来重新格式化Genbank文件中的注释？

Answer 1

在再次阅读源代码之后，我发现Bio.Genbank.Record有自己的Features方法，它将键和位置作为字符串。它们在输出Genbank文件中正确格式化。

CDRS = ["HCDR1", "HCDR2", "HCDR3"]
        for CDR in CDRS:
            start = row['Seq'].find(row[CDR])
            end = start + len(row[CDR])
            feature = Feature()
            feature.key = "{}".format(CDR)
            feature.location = "{}..{}".format(start, end)
            container.features.append(feature)