大脑 MRI 调情注册工具给出了令人难以置信的结果

Question

我有一个脑部 MRI，其中包含来自此角度的切片：

我正在玩用于大脑 MRI 的注册工具，称为 Flirt。该代码也适用于 Python

我尝试使用另一位患者以不同角度拍摄的脑部 MRI 作为参考 MRI。这是从 MRI 中截取的切片（所有文件均为 nifti 格式）：

现在，奇迹发生了。将第一个 MRI 作为配准工具的输入，最后一个 MRI 作为参考 MRI

结果是配准工具（Flirt）的输出是 MRI，其中切片具有以下角度：

因此，配准工具似乎从输入 MRI 中提取了参考 MRI 的角度。这难以置信。这怎么可能？

Answer 1

您使用什么包装器来转换 dicom 图像？ dcm2niix 包装器将自动应用转换以正确定位它。 Flirt 是一个功能强大的工具，可以出色地进行注册。许多预处理管道（例如 fmriprep）已经在使用它。我感兴趣的是它如何解释图像的倾斜。查看此处的使用页面https://fsl.fmrib.ox.ac.uk/fsl/fslwiki/FLIRT/UserGuide，它没有看到任何有关角度的信息。我想知道它是否只是覆盖 MNI 模板上每个体素的激活。首先定位 nifti 图像，然后再次运行它，这将是一个很好的测试。
您可以为无方向和有方向的图像创建一个掩模，然后将其放入并使用分割程序检查特定 ROI 中的体素计数，以查看两个掩模的体素计数是否相同。

我很想看看你发现了什么！