使用 STAR 后丢失 Aligned.sortedbyCoord.out.bam 文件

Question

我是 RNA 测序新手，在比对方面遇到问题。我正在使用 STAR，但我似乎缺少一个我认为下一步需要的输出文件。我找不到我的 Aligned.sortedbyCoord.out.bam 文件。

这是我正在使用的命令： STAR --runThreadN 6 --genomeDir %s --readFilesIn %s %s --readFilesCommandgunzip -c --outFileNamePrefix %s --outSAMtype BAM 排序依据坐标 BAM_排序依据坐标 –outStd BAM_排序依据坐标 –quantMode 转录组SAM 基因计数

Answer 1

我以前在STAR上也遇到过类似的问题。如果删除 --outStd 标志，sortedbycoordinate 和转录组文件将是分开的。否则，至少就我而言，您最终只会得到转录组文件。 祝你好运！