jupyter nbconvert不保存实际输出

Question

我有一个笔记本脚本，我在不同的数据集上运行。我希望每次运行时都在数据文件夹中保存脚本，包括输出单元格。

我在脚本的末尾放置了以下命令，我在jupyter中运行。我打算将我在屏幕上看到的内容保存到HTML文件中。

"here is my notebook script with inputs and ouput including graphs"

cmd='jupyter nbconvert --to html odnp_postprocessing.ipynb --output-dir '+dataFolder
os.system(cmd)

但是，nbconvert不会导出实际的单元格。它将仅在我第一次运行时打印输出单元而不输出，但如果我重新运行，它将最终输出输入和输出。但是，如果我在脚本中更改了某些内容，它将始终导出第一个版本。然后，我找到的唯一方法是重新启动内核并重新运行（两次）新脚本并进行修改。

基本上，它看起来像nbconvert导出某种缓冲区，不一定是用户看到的实际输入和输出单元格。

我想做什么，每次运行时都以编程方式将我的笔记本（输入和输出）保存到HTML中。

是否有命令保存当前版本的笔记本？我尝试在nbconvert命令之前添加％notebook，但也保存了一大堆旧输入。

我知道我可以在nbconvert中运行笔记本，但我想避免它，因为我已经在jupyter中手动运行它。

任何的想法？

我在Chrome浏览器中使用jupyter通过enthought canopy。

谢谢

Answer 1

你没告诉我们你是如何运行nbconvert的;从目前的笔记本？因此很难弄清楚事情。

Nbconvert将当前文件转换为磁盘上的文件;一个疯狂的猜测：你没有保存你的文件。如果您不保存文件，那么nbconvert可能无法访问单元格的输出;当你第二次运行自动保存时，再次疯狂猜测。

请记住： - Nbconvert不执行文件 - Nbconvert是一个单独的进程，它无法神奇地访问浏览器中的内容，这可能是另一台机器。

通常这样想：

• 运行笔记本;
• 保存笔记本
• 关闭笔记本电脑
• 运行nbconvert。
• 重新打开笔记本电脑。

如果您在笔记本的末尾使用此命令以另一种格式保存它，那么您要查找的是save hooks，它会在每次保存笔记本时触发一些代码 - 服务器端。

旁注，了解如何run shell command in IPython; !可用于在CWD中执行shell命令并进行变量插值。