Snakemake 无法确定通配符

Question

我不明白为什么 Snakemake 无法识别这个简单示例中的依赖关系。我期望它识别出

main

的输入是在

simulation

中生成的，最后一个输入是在

setup

中生成的。然而，看起来情况并非如此。这种“规则架构”的想法是在

simulation

级别并行。

root_path = 'a'
names = ['A', 'B', 'C']

rule main:
    input:
        "final.result"
    run:
        pass

rule setup:
    output:
        ABC = expand(root_path + "/{name}/prod.abc", name=names)
    run:
        pass

rule simulation:
    input:
        ABC = root_path + "/{name}/prod.abc"
    output:
        "final.result"
    run:
        pass

snakemake --dag

最后一条命令将返回：

Building DAG of jobs...
WildcardError in rule simulation in file /Users/klimt/test/Snakefile, line 19:
Wildcards in input files cannot be determined from output files:
'name'

Answer 1

这会起作用：

root_path = 'a'
names = ['A', 'B', 'C']

rule all:
    input:
        "final.result"
    run:
        pass

rule setup:
    output:
        ABC = expand(root_path + "/{name}/prod.abc", name=names)
    run:
        pass

rule simulation:
    input:
        ABC = root_path + "/{name}/prod.abc"
    output:
        XYZ = root_path + "/{name}/prod.XYZ"
    run:
        pass

rule gather:
    input:
        XYZ = expand(root_path + "/{name}/prod.XYZ", name=names)
    output:
        "final.result"
    run:
        pass

在我最初的问题中，每个

simulation

实例都生成相同的输出

final.result

。添加

gather

规则后，各个结果将收集到

final.results

中。这将生成预期的 DAG。但是，我仍然没有收到我最初问题的打印错误。