R rect.hclust：树形图中的矩形太高

Question

我让一些不同的专家根据它们的相似性对92个对象进行排序。基于他们的答案，我构建了一个92 x 92相异矩阵。在R中，我使用以下命令检查了这个矩阵：

cluster1 <- hclust(as.dist(DISS_MATRIX), method = "average") 
plot(cluster1, cex=.55)

为了突出显示聚类，我想在它们周围绘制矩形：

rect.hclust(cluster1, k = 3, border = "red")

结果如下：

但是，当对象具有较长的名称（“AAAAAAAAAAAAAAA A43”而不是“A43”）时，格式化为关闭：

rownames(DISS_MATRIX) <- paste0(rep("AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA",92),1:92)
colnames(DISS_MATRIX) <- paste0(rep("AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA",92),1:92)
cluster1 <- hclust(as.dist(DISS_MATRIX), method = "average") 
plot(cluster1, cex=.55)
rect.hclust(cluster1, k = 3, border = "red")

这可以通过得到的树状图来看出。

矩形似乎已经移动到树形图的末尾。不太好。我认为这个故障必定是由于相异矩阵中92个对象的长名称。它似乎也不太相关。只需确保您的对象名称足够短。

但是，由于不同的原因，我希望我的对象具有原始（即，长期）的名称。此图表用于演示，因此我不想使用代码。我也不想使用任何其他包，因为我通常发现hclust非常容易使用。但是，我没有找到任何方法在rect.hclust命令中定位矩形。因此，即使对象名称很长，我还能做什么才能将矩形定位到树形图中？谢谢。

Answer 1

您写道：“我也不想使用任何其他软件包，因为我通常觉得它很容易使用。”

虽然hclust非常适合创建层次聚类对象，但它在绘图方面并不多。获得hclust输出后，最好将其更改为树形图（使用as.dendrogram）进行可视化（因为它更适合于此）。没有使用复杂的代码（包装在一个包中），没有办法做你想做的事情，这是你前进的最佳途径（恕我直言）。 （我知道，因为我写了rect.dendrogram，并且需要a lot of work让它以你想要的方式工作）

dendextend R软件包允许许多函数来操作和可视化树形图（参见the vignette here）。具体来说，rect.dendrogram函数可以处理你所询问的这种情况（有长标签）。例如（为了它的乐趣，我添加了color_branches和color_labels）：

library(dendextend)
hc <- mtcars[, c("mpg", "disp")] %>% dist %>% hclust(method = "average") 
dend <- hc %>% as.dendrogram %>% hang.dendrogram
# let's make the text longer
labels(dend)[1] <- "AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA"

par(mar = c(15,2,1,1))
dend %>% color_branches(k=3) %>% color_labels(k=3) %>% plot
dend %>% rect.dendrogram(k=3)