如何使用snakemake --cluster-cancel？

Question

我目前有一个在集群上运行多个作业的 Snakemake 管道。我想提前取消我的工作，snakemake 文档说我可以使用

--cluster-cancel

选项。但是，它没有任何如何使用它的示例。我正在使用的集群通过

qdel

取消作业。所以，我尝试使用

snakemake --cluster-cancel "qdel"

，但是当我这样做时它会返回错误

snakemake: error: unrecognized arguments: --cluster-cancel

Answer 1

--cluster-cancel

是7.0.0版本中引入的功能。如果您能够在集群上使用该版本或更新版本，那么您应该能够使用该功能。

Answer 2

我没有使用过

--cluster-cancel

功能，但每当我想杀死集群上的一堆 Snakemake 作业时，都会使用以下例程。

1. 中断snakemake管道：

   ^C

2. 终止集群上的现有作业：

   bkill 0

   （终止所有作业）或

   bkill [jobid]

3. 解锁snakemake管道以供将来使用：

   snakemake --unlock

Answer 3

确保您正在使用

snakemake >= v7.0.0

。

然后根据作业调度系统是PBS还是SLURM来设置

--cluster-cancel qdel

或

--cluster-cancel scancel

。

您也可以在

config.yaml

中将其设置为

cluster-cancel: qdel

等

如果您使用 SLURM，则必须将

--parsable

标志添加到通过

sbatch

传递的

--cluster

命令中。

这是 SLURM 的示例

config.yaml

：

cluster: "sbatch --time={cluster.time} --cpus-per-task={cluster.n} --parsable"
cluster-cancel: scancel

相关问题：“scancel：错误：无效的作业ID提交的批处理作业”，带有来自snakemake的--cluster-cancel