在R中做一个相邻矩阵

Question

我想从一个数据框中制作一个邻接矩阵(mydata)由几行组成，其规则如下。

1. 将所有字母列成一个正方形矩阵
2. 数目和总和的连接数，从 source 从其他列 (p1 p2 p3 p4 p5)的对应行。例如： b 连着 a 2行和8行）5次。
3. 如果字母不包括在 source ，连接值应该为零。

数据框为。

mydf <- data.frame(p1=c('a','a','a','b','g','b','c','c','d'),
                               p2=c('b','c','d','c','d','e','d','e','e'),
                               p3=c('a','a','c','c','d','d','d','a','a'),
                               p4=c('a','a','b','c','c','e','d','a','b'),
                               p5=c('a','b','c','d','I','b','b','c','z'),
                               source=c('a','b','c','d','e','e','a','b','d'))

相邻矩阵应该是这样的

        a b c d e g I z
      a 4 2 1 3 0 0 0 0
      b 5 1 3 0 1 0 0 0
      c 1 1 2 1 0 0 0 0
      d 1 2 3 2 1 0 0 1
      e 0 2 1 3 2 1 1 0
      g 0 0 0 0 0 0 0 0
      I 0 0 0 0 0 0 0 0
      z 0 0 0 0 0 0 0 0

我有数百列和数千行。如果有任何最快的方法可以在R中完成，我会非常感激。

Answer 1

在基础R中，我们可以使用 table :

vals <- unlist(mydf[-ncol(mydf)])
table(factor(rep(mydf$source, ncol(mydf) - 1), levels = unique(vals)), vals)

#  vals
#    a b c d e g I z
#  a 4 2 1 3 0 0 0 0
#  b 5 1 3 0 1 0 0 0
#  g 0 0 0 0 0 0 0 0
#  c 1 1 2 1 0 0 0 0
#  d 1 2 3 2 1 0 0 1
#  e 0 2 1 3 2 1 1 0
#  I 0 0 0 0 0 0 0 0
#  z 0 0 0 0 0 0 0 0

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在 tidyverse 我们可以做

library(dplyr)
library(tidyr)

mydf %>%
  pivot_longer(cols = -source) %>%
  count(source, value) %>%
  pivot_wider(names_from = value, values_from = n) %>%
  complete(source = names(.)[-1]) %>%
  mutate_all(~replace_na(., 0))