在使用cv.glmnet()时出现glment错误。

Question

当我用这个代码(glment Rpackage)分析我的数据时，遇到了这个错误。

lasso_fit <- cv.glmnet(x, y, family='cox', type.measure = 'deviance') Error in response.coxnet(y) : 遇到负的事件时间；不允许Cox族使用。

这是我的代码

x <- as.matrix(survival_cancer[,gsub(resSigAll@rownames, pattern = '-', replacement = '_')])
y <- survival_cancer[,c('overall_survival', 'censoring_status')]
names(y) <- c('time', 'status')
y$time <- as.double(y$time)
y$status <- as.double(y$status)
y <- as.matrix(survival::Surv(y$time, y$status))
lasso_fit <- cv.glmnet(x, y, family='cox', type.measure = 'deviance')

x的数据类型

         gene1 gene2 gene3 gene4 gene5 gene6 gene7 gene8 gene9 gene10 gene11 
sample1
sample2
sample3
sample4
sample5
sample6
sample7
sample
sample

Y的类型。

 time  status
 100      0
  90      1

我不知道问题出在哪里？

Answer 1

该错误信息来自coxnet函数的第5行，写在 https:/github.comjeffwongglmnetblobmasterRcoxnet.R。.

请检查你的时间结果变量的和是否小于0，或者向量本身的条目是否=0。