如何通过 Docker 部署我的闪亮应用程序（包含多个文件）

Question

我想通过 Docker 部署一个由文件

ui

、

server

和

global

组成的闪亮应用程序。所有文件都在文件夹中

deploy_test

我模拟了这个数据集

set.seed(123)
dir.create("deploy_test")
setwd("deploy_test")
mydata_<-data.frame(
  gender=c(rep("Male",50),rep("Female",25)),
  height=c(rnorm(50,1.70,0.05),rnorm(25,1.65,1))
)
saveRDS(mydata_,file = "mydata_.RDS")

以下是我的文件内容：

1. 用户界面

source("global.R")

dashboardPage(
  dashboardHeader(title = "Test of app deployment"),
  dashboardSidebar(
    
    selectInput("gender","Gender",as.character(unique(mydata_$gender)))
  ),
  dashboardBody(
    
    fluidRow(
      column(6,plotOutput(
        "plot1"
      )),
      column(6,plotOutput(
        "plot2"
      ))
    ),
    fluidRow(
      dataTableOutput(
        "table"
      )
    )
  )
)

2. 服务器

source("global.R")

function(input, output, session){
  
  output$plot1<-renderPlot(
    {
      data_<-mydata_%>%filter(
        gender==input$gender
      )
      boxplot(data_$height)
    }
  )
  
  
  output$plot2<-renderPlot(
    {
      data_<-mydata_%>%filter(
        gender==input$gender
      )
      hist(data_$height)
    }
  )
  
  
  output$table<-renderDataTable(
    {
      data_<-mydata_%>%filter(
        gender==input$gender
      )
      data_
    }
  )
  
  
}

3. 全球

library(shinydashboard)
library(shiny)
library(tidyverse)
library(DT)
mydata_<-readRDS("mydata_.RDS")

4. DOCKERFILE

Dockerfile 与 Shiny 位于同一文件夹中：

# Base image
FROM rocker/shiny

#Make a directory in the container
RUN mkdir /home/shiny-app


# Install dependencies
RUN R -e "install.packages(c('tidyverse','shiny','shinydashboard','DT'))"

COPY . /home/shiny-app/

EXPOSE 8180

CMD ["R", "-e", "shiny::runApp('/home/shiny-app')"]

我毫无问题地构建了我的容器：

docker build -t deploy_test .

当我运行它时：

docker run -p  8180:8180 deploy_test

它生成链接： 收听 http://xxx.x.x.x:xxxx

但是当我访问链接时什么也没有出现： 我得到：

La connexion a échoué

Answer 1

这有几个部分：要么指定

runApp(.., host=, port=)

，要么转向使用父映像中的内置闪亮服务器。

修复

runApp

首先是您公开端口 8180，但

runApp

的默认设置可能是随机分配端口。来自

?runApp

：

    port: The TCP port that the application should listen on. If the
          ‘port’ is not specified, and the ‘shiny.port’ option is set
          (with ‘options(shiny.port = XX)’), then that port will be
          used. Otherwise, use a random port between 3000:8000,
          excluding ports that are blocked by Google Chrome for being
          considered unsafe: 3659, 4045, 5060, 5061, 6000, 6566,
          6665:6669 and 6697. Up to twenty random ports will be tried.

我的猜测是它不会随机选择 8180，至少不够可靠让你可以依赖它。第二个问题是使用 docker 的

-p

的网络端口转发转发到容器主机，而不是容器的

localhost

(

127.0.0.1

)。因此，我们还应该为您的呼叫分配一位主持人

runApp

。也许

CMD ["R", "-e", "shiny::runApp('/home/shiny-app',host='0.0.0.0',port=8180)"]

当我这样做时，我可以运行容器并连接到

http://localhost:8180

并且那个闪亮的应用程序可以工作。 （当然，我稍微修改了闪亮的代码，因为我没有你的数据，但那是无关紧要的。） 仅供参考，如果您的图像基于

FROM rocker/shiny-verse

而不是

FROM rocker/shiny

，则不需要

install.packages('tidyverse')

，这可以节省一大笔钱。另外，使用

rocker/shiny

或

rocker/shiny-verse

，您不需要

install.packages('shiny')

，因为它已经存在了。节省了两个包裹。使用内置的shiny-server

推荐使用

rocker/shiny-verse

的方法是将您的应用程序放入

/srv/shiny-server/appnamegoeshere

中，并使用嵌入到 docker 镜像中的已功能闪亮服务器。两个好处，一个后果：

好处#1：您可以在一个 Docker 镜像中部署和提供多个应用程序；

• 好处#2：如果/当shiny失败或退出时，内置的shiny-server会自动重新启动它；当
runApp(.)
• 失败时，它会停止。 （当然，这是在代码中存在明显错误的情况下由闪亮的重新启动逻辑控制的。）结果：您的本地浏览器必须在 URL 中包含应用程序名称，如
http://localhost:8180/appnamegoeshere
• 所示。

  http://localhost:8180

  页面是一个主要是静态的登陆页面，表示闪亮服务器正在工作，并且默认情况下它不会列出服务器正在提供服务的所有应用程序。
这意味着您的

Dockerfile

可以是这样的：

# Base image
FROM rocker/shiny-verse

# Install dependencies (tidyverse and shiny are already included)
RUN R -e "install.packages(c('shinydashboard', 'DT'))"

# Make a directory in the container
RUN mkdir /srv/shiny-server/myapp
COPY . /srv/shiny-server/myapp

就是这样，无需再获取所需的一切，因为 

CMD

已在父图像中定义。因为shiny-server默认使用端口3838，所以你的运行命令现在是

docker run -p 3838:3838 deploy_test

并且您的本地浏览器使用 

http://localhost:3838/myapp

进行浏览。

（仅供参考，

RUN

中的顺序以及

Dockerfile

中的其他命令可能会产生影响。例如，如果您在

install.packages(.)

之前更改任何内容，那么当您重新构建图像时，它必须重新安装这些软件包。由于我们不再需要（重新）安装 "tidyverse"，这应该是相当小的，但如果您坚持使用

rocker/shiny

并且必须

install.packages("tidyverse")

，那么这可以节省大量资金。通过此应用程序的

RUN

和

COPY

命令

after

install.packages(..)

，那么如果我们稍后重命名该应用程序和/或添加更多 docker 命令，则该 install.packages 步骤将被缓存/保留，并且不需要重新运行。）