在 Snakemake 中使用 Bowtie2 运行映射

Question

我是一名生物信息学学生，我尝试使用 Snakemake 来完成映射步骤。我使用的是Linux环境。这是我第一次使用snakemake，我在代码中遇到了我不理解的问题。这是我的蛇makefile；

# samples, = glob_wildcards('/../data/01-trimmed/-{sample}_S0.fastq.gz') 

samples = ["Input_Si_B-Catenin_HepG2_S0"]

#reads = ["1","2"]

rule all:
    input:
#       QCreads= expand("..*(I specified the right path)*/data/QC-{s}_L001_R1_001_fastqc.html",s=samples),
#       trimmed=expand("../data/fastq/{s}_R1_trimmed.fastq.gz",s=samples),
#       QCreads2= expand("../data/QC/{s}_R2_trimmed_fastqc.html",s=samples),
        map=expand("../data/04-mapped/{s}.bam",s=samples),
        #insertsize=expand("../data/QC/{s}.insert.metric.tab",s=samples)
#
rule bowtie2:
    input:
        R1="../data/01-trimmed/{sample}_R1.fq.gz",
        R2="../data/01-trimmed/{sample}_R2.fq.gz"
    output:
        "../04-mapped/{sample}.bam"
    threads: 10
    shell:
        """
        module load bowtie2/2.4.4
        module load samtools/1.15.1
        bowtie2 --phred33 --local -p {threads} -x /../hg38 -1 {input.R1} -2 {input.R2} | samtools view -bhS > {output}
        samtools stats {output} > ../04-mapped/{wildcards.sample}_raw_stats.txt
        """ 

它总是给我这个错误：

Building DAG of jobs...
MissingInputException in rule bowtie2 in file /../data/snakefile_mapping, line 15:
Missing input files for rule bowtie2:
    output: ../04-mapped/Input_Si_B-Catenin_HepG2_S0.bam
    wildcards: sample=Input_Si_B-Catenin_HepG2_S0
    affected files:
        ../Input_Si_B-Catenin_HepG2_S0_R2.fq.gz
        ../Input_Si_B-Catenin_HepG2_S0_R1.fq.gz

有人可以给我解释一下吗？ 提前致谢！ :)

我尝试纠正路径，但它总是给出同样的问题。我正在使用 Bowtie2 进行配对端映射，并尝试在一个样本上进行试运行以进行测试，但总是出错！ 我指定了 .yaml ，它很好

Answer 1

snakemake 找不到文件 ../Input_Si_B-Catenin_HepG2_S0_R2.fq.gz 和 ../Input_Si_B-Catenin_HepG2_S0_R1.fq.gz

您可以尝试绝对路径只是为了让它运行（使用 -n 标志来检查它是否工作而不实际运行它）。如果这有效，您可以更改相对路径，或者使用

在蛇文件中设置工作目录

工作目录：“路径/到/工作目录”

因此相对路径确实指向正确的位置。