SeqIO.parse在genbank文件中出错

Question

我正在处理一些genbank seq文件，并有以下代码。

for seq_record in SeqIO.parse("datafile_location, "genbank"):

虽然它可以运行seq文件中的大部分seqs（包含多个seqs） 我得到了以下错误。有什么想法可以解决这个问题吗？

也许删除违规的seq？它得到的记录是 92126 的 93145 然后抛出错误。

我试过重新下载seq文件，但这并不能解决这个问题。

文件 "C:\python38\lib/sit-packages/Bio/GenBank\Scanner.py", 第516行, in parse_records record = self.parse(handle, do_features) 文件 "C:\python38\lib/sit-packages/Bio/GenBank\Scanner.py", 第499行, in parse if self.feed(handle, consumer, do_features): 文件 "C:python38/libsit-packages/Bio/GenBank/Scanner.py", 第466行, in feed self._feed_header_lines(consumer, self.parse_header()) 文件 "C:\python38\lib/sit-packages\Bio/GenBank\Scanner.py"，第1801行，在feed_header_lines中 previous_value_line = structured_comment_dict[ KeyError: 'Assembly-Data'。

Answer 1

似乎类似于 BioPython问题#2844.

A 拉请求最近被合并 来解决这个问题。