无法使用imputeMCA获取完整的数据集

Question

我使用missMDA包来填充多个分类列。但是，我无法从这两个函数获得任何结果：estim_ncpMCA（test_fill）和imputeMCA（test_fill）。该程序保持运行，没有任何进度条或结果弹出。

这是数据集中的样本。

Hybrid  G1  G5  G8  G9  G10
P1000:P2030 0   -1  0   1   0
P1006:P1384 0   0   0   0   1
P1006:P1401 0   NA  NA  NA  1
P1006:P1412 0   0   0   0   1
P1006:P1594 0   0   0   0   1
P1013:P1517 0   0   0   0   1

我正在研究R中的一个遗传项目。在此数据集中，有497行和11,226列。每行是特定杂种的遗传标记系列，每列是值为1、0，-1和NA的遗传标记（“ G1”，“ G2”等）。总共有746,433个缺失值，我正尝试通过imputeMCA填写缺失值。

在运行imputeMCA之前，我还对test_fill进行了一些转换。

test_fill = as.matrix(test_fill)
test_fill[, -1] <- lapply(test_fill[, -1], as.numeric)

我想知道这是否是我的数据集中过多列的结果。我是否需要转置我的列和行。

Answer 1

我不知道您是否找到了答案，但是我认为由于您的第一列似乎是个人的标签，因此您的功能无法运行。您可以指定不应将其纳入分析。

estim_ncpMCA（test_fill [，2：11226]，ncp.max = 5）imputeMCA（test_fill [，2：11226]，ncp = X）

我希望这会有所帮助。