通过与Biopython的坐标删除序列

Question

Hel lo

我有一个序列，例如：

record_dict = SeqIO.to_dict(SeqIO.parse("sequence.fasta", "fasta"))

>sequence1 
AAACCCGGGTTTAAACCCGGGTTTGGGTTTGGG

而且我从这个序列中知道如何选择带有：的坐标的特定零件]

print(record_dict[sequence1].seq[coordinate_start:coordinate_end])
print(record_dict[sequence1].seq[3:7])
我得到：

CCCGG
但是如果我想从[]中删除此部分怎么办？>
>sequence1 
AAACCCGGGTTTAAACCCGGGTTTGGGTTTGGG 
并获取
>sequence1 
AAACGTTTAAACCCGGGTTTGGGTTTGGG
有人有主意吗？ 
感谢您的帮助

这里是一个更好的例子

ACCGCTTTGAATCCGAGCTAG
           ---- ----
并且我想删除2部分：
TCCG和GCTA对应于坐标

[11:14和16:19

最后，我想将两者都删除并得到：

>seq
ACCGCTTTGAAAG
你好，我有一个序列，例如：record_dict = SeqIO.to_dict（SeqIO.parse（“ sequence.fasta”，“ fasta”））> sequence1 AAACCCGGGTTTAAACCCGGGGGTGTGGGTTTGGG，从这个序列中我知道如何选择...

] >

您可以通过将所需的两个部分放回去来完成：

sequence_1 = 'AAACCCGGGTTTAAACCCGGGTTTGGGTTTGGG'
sequence_1a = sequence_1[:4]
sequence_1b = sequence_1[8:]
sequence_2 = sequence_1a + sequence_1b
print(sequence_2)

>>> AAACGTTTAAACCCGGGTTTGGGTTTGGG
请注意，我已经在您的两个索引中加了1，以便切出正确的部分。

如果要对多个部分执行此操作，可以通过遍历列表来执行此操作：

sequence_1 = 'ACCGCTTTGAATCCGAGCTAG'
indexes_to_delete = [(11, 14), (16, 19)]
output_sequence = ''
start_value = 0
for start_delete, end_delete in indexes_to_delete:
    output_sequence += sequence_1[start_value: start_delete]
    start_value = end_delete
output_sequence += sequence_1[start_value:]
print(output_sequence)

>>> ACCGCTTTGAAGAAG

Answer 1

您可以通过将所需的两个部分放回去来完成：