在下标中访问snakemake变量

Question

我有一个Snakemake工作流程，其中一个python文件中的函数在另一个python文件中被调用，类似于以下内容：

### Snakefile
rule test:
    input:
        "input.file"
    output:
        "output.file"
    script:
        "test_script.py"

### script.py
from test_subscript import run_test

if __name__ == "__main__":
    input_file = snakemake.input[0]
    run_test()

### subscript.py
def run_test():
    out_file = snakemake.output[0]
    with open(out_file, "w") as f:
        f.write("Test")

[现在，当我执行工作流程时，可以从snakemake.input内部访问script.py变量，但是无法访问snakemake.output中的subscript.py变量。一种解决方法是将所有必需的snakemake变量传递给run_test()函数，但这很快就会变得复杂。

是否有更方便的方法？

Answer 1

方便的方法是使脚本与Snakemake无关。这些脚本应从任何外壳程序中调用。在这种情况下，您需要提供文件名作为命令行参数：

### Snakefile
rule test:
    input:
        "input.file"
    output:
        "output.file"
    shell:
        "test_script.py {input} {output}"