如何在执行之前在日志中打印集群命令？

Question

我在集群上使用snakemake 7.32.3。我已在配置文件中将

cluster

参数设置为带有通配符的复杂命令。现在 cluster 命令失败，snakemake 输出 cluster 命令产生的错误。但是，该错误消息没有告诉我任何信息，因为我使用的集群调度程序相当旧。为了调试这个，我需要snakemake用来调度集群任务的确切命令。

我尝试使用

--verbose

运行snakemake，但它不会记录集群命令。有没有办法让snakemake打印这个？

Answer 1

使用

--dry-run

（或

-n

）可以查看snakemake将提交到集群的shell命令。这可能对您的情况有所帮助。

snakemake --dry-run ...