使用Cutadapt进行配对末端读取的自动化

Question

我试图使用cutadapt自动化我的配对末端读取，但我一直遇到同样的问题 - 适配器是从正向读取中修剪的，但不是反过来的。即使根据文档修改代码，问题仍然存在。如果我只修改前进或后退，它可以工作，但不是作为配对结束的工作。

这是我的代码：

cat ids.txt | parallel 'cutadapt -j 24 -a AGATCGGAA --interleaved {}_R1.fq.gz {}_R2.fq.gz | cutadapt -j 24 -a AGATCGGAA --interleaved -o {}clipped_R1.fq.gz -p {}clipped_R2.fq.gz -'

有没有人有关于如何修改此代码以使其工作的提示？我究竟做错了什么？

Answer 1

仔细检查cutadapt文档，有一个关于配对末端比对的特定章节。您正在寻找-A。

你也在使用--interleaved参数弄乱：如果读取是交错的，为什么要给出两端？我不确定你想要实现什么，但我打赌你有一个额外的cutadapt调用。

我想你正在尝试这样的事情：

cat ids.txt | parallel 'cutadapt -j 24 -a AGATCGGAA -A <proper_adaptor> -o {}clipped_R1.fq.gz -p {}clipped_R2.fq.gz {}_R1.fq.gz {}_R2.fq.gz'