我有一个 .sam 文件目录(例如 ERR250731.ATP6.sam),我正在尝试打印映射到数据库基因组中每个基因的读取数。登录号在名为“acclist”的目录中,需要映射到的数据库基因组存储在名为“db”的目录中,.sam 文件存储在名为“genes”的目录中。
我基本上需要一个文件中的登录号、基因名称和映射读取。我在下面附上了我想在一个名为“深度”的文件中实现的目标(只是每个 ERR 文件所需的深度文件的第一行)
ERR250731 ATP6 208