在 R studio 中使用 30 多个微生物组样本进行 K-means 聚类

Question

我有 33 个包含微生物群落数据的样本。

我已经使用 full_join 命令将所有 33 个样本合并到一个数据帧中。数据框看起来像这样：

          Samp1 Samp2 Samp3 Samp4
species1   0.1   8      0     2
species2   9     0.02   0     1
species3   0.3    1     1     0.1
species4    5     3    0.4    2

非常大：33 列，54,454 行。我需要制作一个距离矩阵来查看列（样本）基于它们的丰度值（列值）的相似程度，这些值基于每个样本中的物种观察结果。从那里（如果我曾经到达那里）我想做 k 意味着聚类。这在 R 中可行吗？我试过了（有相应的错误代码）：

fviz_nbclust(samples, kmeans, method = "wss") + geom_vline(xintercept = 3, linetype = 2):
Error in do_one(nmeth) : NA/NaN/Inf in foreign function call (arg 1)
In addition: Warning messages:
1: In stats::dist(x) : NAs introduced by coercion
2: In storage.mode(x) <- "double" : NAs introduced by coercion

以及：

mat <- dist(samptest, method = "euclidean"):  
Error in FUN(left, right) : non-numeric argument to binary operator

谢谢