将 Bray Curtis 差异转换为 SIMPER:vegan

Question

我想使用 SIMPER 和素食包来看看哪些物种每年贡献最大。

#4th root transformation
BBcounts_transformed<-siteBB^(1/4)
BBcounts_transformed.matrix<-as.matrix(BBcounts_transformed)
#Bray-Curtis Diss.
BBtrans_bray<-vegdist(BBcounts_transformed.matrix, method="bray")

SIMPER 要求将相异矩阵放入数据框中，但是我正在努力解决这个问题，因为 data.frame 函数只是将所有距离值放入单个列中，而该列不会与测量因子对齐。布雷正在用物种矩阵（列中的物种 x 行中的 12 个单独年份）来查看年份之间的距离。要么是冷年，要么是热年。

BBtrans_bray.df<-as.data.frame(BBtrans_bray)
BBtrans.simper_result<-simper(BBtrans_bray,site_BB2$TempH)

我对 Bray 和 SIMPER 还很陌生，所以此时任何帮助将不胜感激。

Answer 1

“simper”函数本身直接根据社区数据计算 Bray Curtis 相异度。您必须将物种矩阵作为第一个参数，而不是具有相异矩阵的对象。 试试这个：

#4th root transformation
BBcounts_transformed<-siteBB^(1/4)
BBcounts_transformed.matrix<-as.matrix(BBcounts_transformed)
BBtrans.simper_result<-simper(BBcounts_transformed.matrix,site_BB2$TempH)

更多信息请参阅：

?simper