我在现有的conda env中也安装了其他工具（例如R，julia等）中使用snakemake。我更喜欢通过pip而不是本机conda命令安装和升级snakemake，因为我发现它更稳定，更省力。不断旋转的conda轮解决冲突的本质是矛盾的。
我在snakemake installation page上读到，它具有某些非Python依赖关系，因此pip可能不是一个好选择。我尝试在source code中找到这些内容，但如果我获得了特定信息，那就更好了。
[这是Snakemake作者在https://twitter.com/johanneskoester/status/1258863691065372672?s=20处回答的>]