snake在输入和输出中使用不同的通配符

Question

我正在尝试实现以下目标：将我的工作流程应用于一组染色体，每个染色体都有多种方法。因此，输入始终是一个带有一个通配符

chr

的文件，而输出将具有两个

chr & method

。问题是，好像

1. 如果 output 是

   {chr}_{method}_rslts.csv

   ，snakemake 期望 input 有这两个通配符
2. 如果 output 是

   {chr}_rslts_{method}.csv

   ，snakemake 会抱怨缺少规则的输入

你能帮忙吗

rule all:
    input:
       expand(config["outdir"] + "/{chr}_{method}_rslts.csv", chr = ["chr1", "chr2", "chr3"], method = ["method1", "method2"])

rule example_rule:
    input:
       config["indir"] + "/{chr}_fltrd.csv", 
    output:
       config["outdir"] + "/{chr}_{method}_rslts.csv",
    shell:
       """
        touch {output}
       """

Answer 1

当输出的通配符比输入的通配符多时，我没有发现任何问题。特别是你的例子

snakemake --version  # kind of old :D
7.8.5
snakemake -nq
Building DAG of jobs...
Job stats:
job             count    min threads    max threads
------------  -------  -------------  -------------
all                 1              1              1
example_rule        6              1              1
total               7              1              1

大概在真正的规则中，您在命令中使用 method 的值。

相反，输入中的通配符多于输出中的通配符，您必须使用输入函数根据输出通配符设置所有输入通配符。请记住，snakemake 确定需要“向后”运行的内容，从请求的输出到输入，因此输出必须比输入具有更多的通配符。

一个相关的问题是，如果您有多个输出，其中一些输出不使用所有通配符。假设你的规则是：

rule example_rule:
    input:
       config["indir"] + "/{chr}_fltrd.csv", 
    output:
       config["outdir"] + "/{chr}_{method}_rslts.csv",
       config["outdir"] + "/{chr}_summary.csv",

这是一个错误，因为“通用”文件会在写入时发生冲突并导致未知的问题。错误消息解释了这一点。如果这不能解决您的问题，请澄清您的问题。