读取FASTA文件

Question

我想将文件的以下行转换为JSON，我想将其保存为猫鼬模式。

>HWI-ST700660_96:2:1101:1455:2154#5@0/1
GAA…..GAATG

应该是：

{“>HWI-ST700660_96:2:1101:1455:2154#5@0/1”: “GAA…..GAATG”}

我尝试了几种选择，下面是一个示例，但是没有成功，有任何建议吗？

const parser = require("csv-parse/lib/sync");//import parser
const fs = require("fs");//import file reader
const path = require("path");//for join paths


const sourceData = fs.readFileSync(path.join(__dirname, "Reads.txt"), "utf8");//read the file, locally stored

console.log(sourceData);//print out for checking
const documents = parser(sourceData);//parsing, it works for other situations I have tested, in a column like data

console.log(documents);//printing out

此代码给我输出如下：

[ [ '>HWI-ST700660_96:2:1101:1455:2154#5@0/1' ],
  [ 'GAATGGAATGAAATGGATAGGAATGGAATGGAATGGAATGGATTGGAATGGATTAGAATGGATTGGAATGGAATGAAATTAATTTGATTGGAATGGAATG' ],...

类似问题：fasta file reading python

Answer 1

因为您使用的是解析器的默认配置，所以它只会在该配置中输出数组的数组。如果要接收对象，则需要首先为解析器提供一些选项（列）。看看doc。

[在使用同步解析模式时（如您所使用的），您可以提供如下选项：

const documents = parse(sourceData, {columns: true})

[columns:true将从输入csv的第一行推断出列名。