在服务器上使用 cytoscape

Question

我正在尝试在我的实验室中实现 cytoscape，并将其安装在我们通过 ssh 从自己的终端访问的集中式服务器上（使用 x11 转发）。

我确实找到了 Scooter Morris 对 RNA123 的问题的答案， 目前我在 /opt/ 中的 cytoscape 3.8.2 安装（作为 root）通过以非 root 用户身份执行来工作。但是，如果第二个用户在实例已经运行时启动它，则会抛出错误：

karaf：已经有一个名为 Cytoscape 的 Root 实例在运行 3.8.2 和 pid 121496。如果您知道自己在做什么并且无论如何都想强制运行，请导出 CHECK_ROOT_INSTANCE_RUNNING=false 并重新运行 命令。

有没有办法集中安装 cytoscape 并让多个用户从自己的终端访问它？或者这样做是否安全：

CHECK_ROOT_INSTANCE_RUNNING=false

Answer 1

这是我在 BioStars 上发布的答案：

是的，它应该是安全的，尽管有一些警告。一旦你得到 经过“CHECK_ROOT_INSTANCE_RUNNING”，您将收到有关“port 已经打开”。这是因为 Cytoscape 尝试打开一个端口 这是 REST 接口。您可以轻松地将 Cytoscape 启动包在 python 或 shell 脚本随机化端口以避免该问题， 但如果您有用户使用 RCy3 或 py4cytoscape，他们将不得不 知道要连接的端口。最佳解决方案，尤其是在 HPC 中 环境，就是在docker或者singularity容器中运行Cytoscape 并将 REST 端口“1234”映射到特定于用户的端口。

我会在这里再添加一条评论。关于映射 REST 端口的最后一部分非常重要。如果没有人映射 REST 端口，并且第二个用户启动 Cytoscape，然后使用 CyREST，他们将“控制”第一个用户的 Cytoscape。绝对不是你想要的。