scanpy 邻居函数：LLVM 错误：找不到符号：__svml_sqrtf8

Question

每当我使用

sc.pp.neighbors(adata)

我收到这条消息（没有任何错误）：

我有：

scanpy==1.8.1

pynndescent==0.5.4

numba==0.54.0

umap-learn==0.5.1

anndata==0.7.6

我的数据集只包含大约 20,000 个细胞，所以我的内核在使用这个相对较小的数据集时死掉是很奇怪的。

我什至尝试使用 scanpy 的

bbknn

函数作为替代，我的内核也死了。

我也遇到了和github上的一个issue一样的问题：https://github.com/theislab/scanpy/issues/1567但是还没有解决方案

我尝试在 cmd 而不是 jupyter-notebook 上运行代码并得到下一个错误：

LLVM ERROR: Symbol not found: __svml_sqrtf8

我应该怎么做才能正常运行这个功能？

Answer 1

@Iguananaut 的上述评论对我有用：

如果你能在Jupyter Notebook之外重现问题，那么相对于使用Jupyter来说，这并不是真正的问题，那个标签是可以避免的。问题出在别处。该问题可能与 numba 有关，并且可能是预编译的 numba 与系统上安装的其他库之间的不兼容。我想知道如果你设置环境变量是否有帮助

NUMBA_DISABLE_INTEL_SVML=1

我创建了一个新的环境变量如下：

• 变量名：

  NUMBA_DISABLE_INTEL_SVML

• 变量值：

  1

然后这让我可以运行

umap

。在我在终端窗口中看到同样的错误之前：

Symbol not found: _svml_sqrtf8

Answer 2

更换硬件并从英特尔迁移到英伟达 GPU 后，必须卸载并重新安装声音文件和 librosa。我喜欢我的英特尔 GPU，但现在有人在使用它 :)