Snakemake 工作流程在 SLURM 上成功完成后发送电子邮件

Question

使用

Snakemake

选项时，是否可以在

--slurm

工作流程完成后发送电子邮件？ 像这样的东西：

onsuccess: 
    email([email protected], title="Snakemake job xxx finished successfully")

onerror:
    email([email protected], title="Snakemake job xxx failed")

SLURM 脚本有此选项：

#!/bin/bash

#SBATCH --mail-type=END,FAIL

我不希望在每条规则完成后收到电子邮件，而是在整个工作流程完成后收到电子邮件。

Answer 1

这可以使用snakemake的

shell

函数来实现。规则如下：

EMAIL = "[email protected]"

onsuccess:
   shell("mail -s 'DONE' {EMAIL} < {log}")

onerror:
   shell("mail -s 'ERROR' {EMAIL} < {log}")

请注意，

{log}

也是snakemake内置的，因此它将附加日志内容作为电子邮件的正文。