合并空间转录组对象后运行UMAP代码错误

Question

我将 6 个空间转录组对象合并在一起，然后运行

Metastaticsamples.merge <- ScaleData(Metastaticsamples.merge)

#进行线性归约分析： 转移样本.合并 <- RunPCA(Metastaticsamples.merge, features = VariableFeatures(object = Metastaticsamples.merge))

#转移 转移样本.合并 <- FindNeighbors(Metastaticsamples.merge, reduction = "pca", dims = 1:15) Metastaticsamples.merge <- FindClusters(Metastaticsamples.merge, verbose = FALSE) Metastaticsamples.merge <- RunUMAP(Metastaticsamples.merge, dims = 1:15)

但是在执行 RunUMAP 时我遇到了错误代码

20:35:37 从归一化拉普拉斯 + 噪声初始化（使用 irlba） irlba::irlba(L, nv = n, nu = 0, maxit = iters) 中的错误： 包“Matrix”未提供函数“as_cholmod_sparse”

对发生的事情以及如何克服这个问题有什么想法吗？

尝试检查软件包更新但没有成功

Answer 1

这是与新的 Matrix 包版本（1.6-2）的兼容性问题。只需安装以前的版本（1.6-1）就可以了。