如何使用for循环以编程方式生成snakemake规则？

Question

我想使用 for 循环根据

config.yaml

文件的内容生成一组规则。这是一个最小的工作示例。

config={'person1': 'Amy', 'person2': 'Bruce'}
                       
for thiskey,thisperson in config.items():
    rule:  
        name: f'{thisperson}s_rule'
        output: f'{thiskey}.txt'
        run:
            print(f'\n{thiskey} is called {thisperson}!\n')
            
rule people:
    input: [this+'.txt' for this in config.keys()]

如果您运行它（使用

-k

开关继续运行并忽略丢失的文件），您将看到两个文件的屏幕上都写入了相同的内容 (

person2 is called Bruce!

)，而您希望看到给艾米和布鲁斯的类似信息。

这是设置规则的明智方式吗？或者我应该找到解决方法吗？

谢谢，

马克

Answer 1

config = {'person1': 'Amy', 'person2': 'Bruce'}

def create_rule(thiskey, thisperson):
    rule:
        name: f"{thisperson}s_rule"
        output: f"{thiskey}.txt"
        run:
            print(f'\n{thiskey} is called {thisperson}!\n')

# Generate rules
for thiskey, thisperson in config.items():
    create_rule(thiskey, thisperson)

rule people:
    input: [this + '.txt' for this in config.keys()]

尝试将循环变量作为默认参数传递给内联函数，强制在每次迭代时对其求值。