如何指定.snakemake/log的目录？

Question

执行 Snakemake 时，它会在我执行命令的目录中创建日志文件（例如 .snakemake/log/2023-12-13T155741.107386.snakemake.log ）。如果我没有这个目录的写权限，它会立即崩溃。

如何指定该日志文件的目录？我使用的Snakemake版本是5.18.1.

我检查了它的帮助菜单，但找不到相关的选项/参数。

Answer 1

使用

--directory/-d

选项设置工作目录。 Snakemake 将在开始处理之前更改到该目录。

.snakemake

目录也将写入那里。

无关，snakemake 5.18.1 现在已经很旧了，除非你有正当理由不升级，否则我会升级。