包中无法卸载R：无法安装包

Question

我试图在R中安装一个包，但无法解决以下错误。

到底是怎么回事？ :(

我正在运行Fedora 20，R 3.2

 biocLite("monocle")
    BioC_mirror: http://bioconductor.org
    Using Bioconductor version 3.0 (BiocInstaller 1.16.5), R version 3.2.0.
    Installing package(s) 'monocle'
    trying URL 'http://bioconductor.org/packages/3.0/bioc/src/contrib/monocle_1.0.0.tar.gz'
    Content type 'application/x-gzip' length 332309 bytes (324 KB)

    downloaded 324 KB

    installing *source* package ‘monocle’ ...
    R
    inst
    preparing package for lazy loading
    Error in unloadNamespace(package) : 

    namespace ‘plyr’ is imported by ‘reshape2’, ‘ggplot2’, ‘scales’ so cannot be unloaded
    Error in library(pkg, character.only = TRUE, logical.return = TRUE, lib.loc = lib.loc) : 

    Package ‘plyr’ version 1.8.1 cannot be unloaded
    ERROR: lazy loading failed for package ‘monocle’
    removing ‘/home/user/R/x86_64-redhat-linux-gnu-library/3.2/monocle’

Answer 1

看起来像monocle试图卸载并再次安装plyr，但它不能，因为其他包，即ggplot2，scales和reshape2依赖于plyr。请使用删除这些包

remove.packages("ggplot2")
remove.packages("reshape2")
remove.packages("scales")

最后

remove.packages("plyr")

现在再试一次安装monocle。

Monocle确实取决于plyr

取决于R（> = 2.7.0），HSMMSingleCell（> = 0.101.5），Biobase，ggplot2（> = 0.9.3.1），样条，VGAM（> = 0.9-5），igraph（> = 0.7.0）， plyr

在monocle主页http://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/monocle.html

Answer 2

我为MASS包得到了同样的错误。

下面的命令用于删除该包。

remove.packages("MASS")

在命令下新尝试并且它起作用。

install.packages("MASS")
library(MASS)