ConsensusClusterPlus 函数和 pFeature 参数的子采样出错

Question

以下函数返回一个我无法解决的错误。

pl.eset <- matrix(runif(50*30), nrow=50, ncol=30)
ConsensusClusterPlus::ConsensusClusterPlus(pl.eset, pFeature = 0.50, reps = 500,distance = "euclidean", clusterAlg = "km",verbose = F)

其中pl.eset是一个50x30的矩阵，有数值，没有任何NAs。

运行这段代码时，返回如下错误：

Error in if (is.na(sample_x$submat)) { : the condition has length > 1

错误与pFeature的子采样有关。当 pFeature = 1 时，错误不会出现。

我在这里遗漏了什么吗？

Answer 1

你可能已经找到了答案，但我也有这个问题，除了你的问题找不到任何东西。

问题是函数 ccRun 中的这一行，它在 ConsensusClusterPlus() 中被调用：

if ( is.na( sample_x$submat ) ) {
        stop( "error submat is NA" )
      }

只有在以下情况下才会运行：

• 提供数据矩阵，不是距离矩阵

• 设置

  method='km'

• 给pFeature一个值，这个值不是1

  或设置

  pFeature=1

  并给weightsFeature
  一个值

所以如果

pFeature=1

并且您不举重，这不是问题。

sample_x$submat

是您为给定迭代生成的聚类提供的数据的子集。因此

is.na(sample_x$submat)

返回一个布尔矩阵而不是单个值，因此错误消息 'condition has length > 1'

我认为这是为了在

sample_x$submat = NA

内的任何值时停止运行，但是无论 sample_x$submat 中的值是什么，它都会停止整个过程。

我通过从这里复制源代码来修复它：https://rdrr.io/bioc/ConsensusClusterPlus/src/R/ConsensusClusterPlus.R

然后将有问题的 if 语句（第 410 行）替换为：

if ( sum(is.na( sample_x$submat ))>0 ) {
        stop( "error submat is NA" )
      }

并获取此脚本而不是加载 ConsensusClusterPlus 包。

希望这有帮助！