在Snakemake参数部分使用特殊符号

Question

我创建了以下snakemake规则：

rule cutadapt:
    input:
        input
    output:
        output
    log:
        logs
    params:
        "-a 'A{100}' --nextseq-trim=20 -m 20"
    wrapper:
        "0.50.4/bio/cutadapt/se"

并且我收到以下错误消息：

无法从输出文件中确定参数中的通配符。

由于{}，Snakemake将-a 'A{100}'实现为通配符。我试图通过-a 'A{{100}}'转义{}，但它会产生相同的错误。

有没有机会在蛇形规则中转义参数部分？

谢谢

Answer 1

Snakemake使用Python格式，因此您可以将花括号换成另一个花括号：

Answer 2

看来此修复程序有点难看（请参见问题https://bitbucket.org/snakemake/snakemake/issues/584/unable-to-escape-curly-braces-in-params-我不知道是否已实施更好的解决方案。]]

基本上，使用虚拟lambda函数：