适用于 Linux 的 Windows 子系统中的 RStudio 服务器无法在 PATH 上找到包

Question

我正在尝试使用 RStudio Server 通过适用于 Linux 的 Windows 子系统运行包 (CNV-CLinViewer)。 可以安装所需的所有 R 软件包，除了

bedtoolsr

，它需要

bedtools

（不是 R 软件包）。我在 WSL 上安装了

bedtools

，并且该文件夹是我的 PATH 的一部分。

但是，由于某种原因，RStudio 没有“看到”它。 我尝试使用

options(bedtools.path = "/home/usr/anaconda3/bin/bedtools")

手动设置 bedtools 的路径，但这也没有帮助。

有人有关于如何使其对 RStudio Server 可见的提示吗？

谢谢

Answer 1

问题是 RStudio 上的 PATH 变量与终端上显示的变量不同（缺少

/home/analyst/anaconda3/bin

）。

在 RStudio 上编辑 PATH 变量修复了该问题。我像这样编辑了变量：

old_path <- Sys.getenv("PATH")

Sys.setenv(PATH = paste(old_path, "/home/analyst/anaconda3/bin", sep = ":"))

Answer 2

R/RStudio-server需要什么路径来查找和安装包？

这是我目前拥有的树：(~)