抑制rpy2中的警告

Question

当我在python中导入R时，使用rpy2，如何禁止警告？

似乎在R中你必须做到以下几点

options(warn=-1)

...但我不熟悉R.如何在python中执行此操作？

Answer 1

你自己几乎给出了答案。您可以使用RPy从Python调用options(warn=-1)函数：

rpy.r['options'](warn=-1)

对于RPy2，它应该是这样的（没试过这个）：

rpy2.robjects.r['options'](warn=-1)

只需将它放在Python脚本的开头（在模块导入之后），并且应该抑制所有警告。

Answer 2

rpy2中的警告系统使用Python的warnings模块。因此，您可以使用该软件包的filterwarnings()函数关闭警告。正如在对此处的另一个答案的评论中已经指出的那样，这可能是危险的，因为不仅R相关的警告受到影响。

但是，rpy2带有自己的警告类RRuntimeWarning。因此，您只能关闭此类警告

import warnings
from rpy2.rinterface import RRuntimeWarning
warnings.filterwarnings("ignore", category=RRuntimeWarning)

Answer 3

从3.0版本开始，rpy2不使用Python的warnings模块anymore。它现在依赖于logging。新的解决方案是：

from rpy2.rinterface_lib.callbacks import logger as rpy2_logger
import logging
rpy2_logger.setLevel(logging.ERROR)   # will display errors, but not warnings

如果您只想过滤特定警告，请使用：

rpy2_logger.addFilter(lambda record: 'notch went outside hinges' not in record.msg)

有关高级过滤的可用字段，请参阅LogRecord类规范。