无法使用mpirun的所有核心

Question

我正在我的桌面上测试一个简单的MPI程序（Ubuntu LTS 16.04 /Intel®Core™i3-6100U CPU @ 2.30GHz×4 / gcc 4.8.5 / OpenMPI 3.0.0）并且mpirun不会让我使用全部我机器上的核心（4）。当我跑：

$ mpirun -n 4 ./test2

我收到以下错误：

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There are not enough slots available in the system to satisfy the 4 slots
that were requested by the application:
  ./test2

Either request fewer slots for your application, or make more slots available
for use.
--------------------------------------------------------------------------

但如果我跑：

$ mpirun -n 2 ./test2

一切正常。

我从其他答案中看到我可以检查处理器的数量

cat /proc/cpuinfo | grep processor | wc -l

这告诉我，我有4个处理器。我对超额订阅不感兴趣，我只是想能够使用我所有的处理器。有人可以帮忙吗？

Answer 1

您的处理器有4个超线程但只有2个内核（参见规格here）。

默认情况下，Open MPI不会为每个核心运行多个MPI任务。使用以下选项，您可以让Open MPI为每个超线程运行最多一个MPI任务

mpirun --use-hwthread-cpus ...

FWIW

您提到的命令报告了超线程的数量。

找出机器拓扑结构的更好方法是通过lstopo包中的hwloc命令。

MPI任务不受OS X核心和线程的约束，因此如果您在Mac上运行，--oversubscribe -np 4将导致相同的结果。

Answer 2

使用$ lscpu number of cores per socket * number of sockets会给你一些物理核心（你可以用于mpi的那些），其中sockets per core * number of sockets * threads per core会给你一些逻辑核心（你使用命令$ cat /proc/cpuinfo | grep processor | wc -l获得的核心）