我有一个数据框,我使用dcast
包reshape2
ing,我想删除第一列,让它成为数据框的行名称。
原始数据帧,在dcast
之前:
> corner(df)
ID_full gene cpm
1 S36-A1 DDX11L1 0
2 S36-A1 WASH7P 0
3 S36-A1 MIR1302-2 0
4 S36-A1 FAM138A 0
5 S36-A1 OR4F5 0
pivot
功能dcast表:
library(reshape2)
pivot <- function(x){
castTable <- x %>% dcast(ID_full ~ gene, value.var="cpm")
}
在dcast
之后,包裹在我的pivot
功能:
> corner(df)
ID_full 1060P11.3 A1BG A1BG-AS1 A1CF
1 S36-A1 0 0 0 0
2 S36-A10 0 0 0 0
3 S36-A11 0 0 0 0
4 S36-A12 0 0 0 0
5 S36-A2 0 0 0 0
我希望ID_full成为rownames,并停止作为专栏存在,在dcasting
之后用管道传输。我可以在几行中完成此操作,每次都替换数据框,但我想使用%>%
操作符完成所有操作。
我能想到的最好的尝试会涉及到这样的事情,但显然它不起作用:
library(dplyr)
df <- df %>% pivot(.) %>% with(., row.names=df[,1])
我很感激任何建议......这种滋扰让我发疯!
更新:
谢谢你的回答:
这个表达式很好用:
df <- df %>% pivot(.) %>% `rownames<-`(.[,1]) %>% select(-ID_full)
> corner(df)
1060P11.3 A1BG A1BG-AS1 A1CF A2M
S36-A1 0 0 0 0 0.00000
S36-A10 0 0 0 0 0.00000
S36-A11 0 0 0 0 0.00000
S36-A12 0 0 0 0 1.62189
S36-A2 0 0 0 0 1170.95000
这会吗?
iris %>% `rownames<-`(seq_len(nrow(iris)))
使用更高版本的tidyverse
,存在一个更优雅的解决方案:
df <- df %>% pivot(.) %>% column_to_rownames('ID_full')
重要的是,当转到rowname的列作为变量传递时,它也可以工作,这在函数内部是非常方便的!