如何在 SLURM 上正确设置 Snakemake？

Question

管理员暂时阻止了我，因为我的作业正在登录节点上运行。我不确定我是否正在设置

SLURM

配置文件并正确调用

Snakemake

，因为除此之外我还有其他一些问题。 我不确定如何在集群上监控通过

Snakemake

提交的作业。 我也无法配置工作流程一次提交一份工作。

我使用的命令是：

snakemake --use-conda --cores 40 -j1

配置文件配置文件如下：

cluster:
  mkdir -p logs/{rule} &&
  sbatch
    --partition={resources.partition}
    --qos={resources.qos}
    --cpus-per-task={threads}
    --mem={resources.mem_mb}
    --job-name=smk-{rule}-{wildcards}
    --output=logs/{rule}/{rule}-{wildcards}-%j.out
    --error=logs/{rule}/{rule}-{wildcards}-.%j.err
    --account=account
    --ntasks=1
    --nodes=1
    --time={resources.runtime}
    --parsable
default-resources:
  - partition=el7taskp
  - qos=sbatch
  - mem_mb=100000
  - tmpdir=/users/user/tmp
  - runtime=2880
restart-times: 3
max-jobs-per-second: 10
max-status-checks-per-second: 1
# local-cores: 40
latency-wait: 60
jobs: 1
keep-going: True
rerun-incomplete: True
printshellcmds: True
scheduler: greedy
use-conda: True

我只是没有使用

SLURM

配置文件并定期在登录节点上运行

snakemake

吗？

Answer 1

您需要在

snakemake

通话中实际包含个人资料，即

snakemake --profile slurm

有关详细信息，请参阅文档。

如果你不这样做，那么你正在登录节点上运行

snakemake

。